《本草经集注》为南北朝时期梁代陶弘景所著。该书初为三卷，后改为七卷，大约完成于公元500年。原书已佚，现存有敦煌卷子残本。
书中陶弘景利用他广博的辨药、用药知识，完成了对《神农本草经》总论的首次阐释，介绍了许多药物采集加工、炮制制剂、药量折合、药物真伪优劣鉴别等基本知识，使《神农本草经》原本只有简单12条理论原则的总论，变成了内容丰富、切合实用的专卷。此外，他创设了“诸病通用药”一篇，该篇以病为纲，类列所用药物，并注明药性寒热，并增设“解百毒及金石等毒例”，集中介绍各种解毒方法，类似当今的临床用药手册。
全书收载药物730种，创立了最初的药物自然属性分类法，即将药物按照玉石、草木、虫兽、果、菜、米食六大类属性进行分类。又把属性不明或业已不用的药物都放到全书最末的“有名无用”类。此后这种药物自然属性分类法成为了药物分类的主流。为了保持古代本草资料来源清晰的传统，他汲取儒家注经的方法，把自己的解说用小字写在药物正文之后，由此开创了各药“经”文（药物正文）用大字，“注”文（后人增补的注释）用小字的体例。朱墨分书、大字为经，小字为注，于是成为此后本草书的基本体例，使各药出处纹丝不乱。
中外学者对本书的评价很高，它完成了使中国主流本草学著作雏型大定的历史任务。《本草经集注》对后世本草学发展影响巨大，唐代的《新修本草》就是在此书的基础上进一步修订补充后编撰而成的。
